চায়ের বেশ কিছু রোগবালাই চা গাছের ক্ষতি সাধন করে থাকে। অদ্যবদি চায়ে ২২টি বিভিন্ন জীবানুঘটিত রোগ সনাক্ত করা হয়েছে। এর মধ্যে পাতা পচা রোগ, ফোঁস্কা রোগ, আগা মরা রোগ, লাল মরিচা রোগ, ক্ষত রোগ, গোড়াপচা রোগ, চারকোল স্টাম্প রট উল্লেখযোগ্য। এদের দমনে বিভিন্ন ছত্রাকনাশক উক্ত বিভাগ কর্তৃক নির্ধারিত মাত্রায় আক্রান্ত গাছে প্রয়োগ করতে হয়। রোগবালাই ছাড়াও চায়ের আগাছা ও এর নিয়ন্ত্রণে যান্ত্রিক পদ্ধতি ও রাসায়নিক পদ্ধতি অনুসরণ করে স্বল্প সময়ে বিস্তীর্ণ এলাকায় দ্রুত আগাছা দমন করা যায় যা এ বিভাগের গবেষণার ফল।