বাংলাদেশে চায়ের উৎপাদন ও গুনগতমান বৃদ্ধি এবং নিরাপদ পানীয় নিশ্চিতায়নের লক্ষ্যে উদ্ভিদ রোগতাত্ত্বিক গবেষণার মাধ্যমে সাশ্রয়ী, পরিবেশবান্ধব, সমন্বিত ও টেকসই প্রযুক্তি উদ্ভাবনপূর্বক চায়ের রোগবালাই ও আগাছা দমন এবং চা কারখানার সূরক্ষাবিধির মান নির্ধারণে চা শিল্পকে কারিগরি সহায়তা করা উদ্ভিদ রোগতত্ত্ব বিভাগের মূল লক্ষ্য। এ লক্ষ্যে উক্ত বিভাগ চা আবাদীতে চা গাছের স্বাভাবিক বৃদ্ধির অন্তরায়ের সম্ভাব্য সকল কারনসমূহ চিহ্নিতকরণ; চা গাছের স্বাভাবিক বৃদ্ধির অন্তরায়ে চিহ্নিত সমস্যাবলীর সমাধান করা এবং চা কারখানায় তৈরী চায়ের গুনগতমান হ্রাসের ক্ষেত্রে অনুজীবীয় কারনসমূহ চিহ্নিতকরণ ও সমাধান নিয়ে এই বিভাগ গবেষণা করে যাচ্ছে। এ পর্যন্ত চায়ের প্রধান প্রধান রোগ নিয়ন্ত্রনের জন্য সমন্বিত পদ্ধতি, অনুজীবীয় পদ্ধতি, প্লান্ট নির্যাস প্রয়োগ পদ্ধতি উদ্ভাবন; বিভিন্ন রোগের জীবানুর বৃদ্ধি, বিস্তার ও রোগ সংক্রমের উপর মাঠ ও পরিবেশীয় উপাদানের প্রভাব নিরুপন; জৈব মাইকোরাইজাল সার উদ্ভাবনের লক্ষ্যে মাইকোরাইজাল সম্পর্ক নিরুপন করা হয়েছে। এছাড়াও চায়ের বিভিন্ন ধরনের রোগবালাই ও আগাছা নিয়ন্ত্রনের জন্য ৫১ টি গ্রুপের ২৮১ টি ছত্রাকনাশক এবং ১৯ টি গ্রুপের ৩১৭ টি আগাছানাশকের কার্যকারীতা ও মাত্রা নিরুপন করা হয়েছে। এসব গবেষণার তথ্য, ফলাফল ও প্রযুক্তি বাংলাদেশের সকল চা বাগানসমূহের বিভিন্ন চা আবাদী ও নার্সারীতে ব্যবহার করে চা শিল্প স্বল্প খরচে, সহজে, কার্যকর ও টেকসইভাবে রোগবালাই ও আগাছা নিয়ন্ত্রন করতে সক্ষম হয়েছে। ফলে রোগের কারনে ফসলহানীর পরিমান কমেছে এবং চায়ের উৎপাদন বৃদ্ধি পেয়েছে।