চা উৎপাদনের যে সকল অন্তরায় রয়েছে তার মধ্যে চায়ের ক্ষতিকারক পোকামাকড় ও কৃমিপোকা অন্যতম। কীটতত্ত্ব বিভাগ প্রতিষ্ঠালগ্ন থেকেই এসব পোকামাকড়ের জীবন চক্র, জীববৈচিত্র্য এবং আধিক্য দমনে ফলিত গবেষণা কার্যক্রম চালিয়ে আসছে। একই সাথে এসব বালাই দমনে বালাইনাশক সনাক্ত ও অনুমোদন করা হয়েছে। আবার বালাইনাশকের ব্যবহার সর্বনিম্ন পর্যায়ে রাখতে সমন্বিত বালাই দমন ব্যবস্থার ওপরও বিভাগ জোর দিচ্ছে। আর এ জন্য সমন্বিত বালাই ব্যবস্থাপনার আওতায় পরিচর্যাগত দমন, যান্ত্রিক দমন, ভৌতিক দমন, উদ্ভিদ নির্যাস ব্যবহার, পোকামাকড় প্রতিরোধী জাত ব্যবহার, জৈব দমন ও রাসায়নিক দমনের উপর এ বিভাগ বহুমুখী কাজ করে যাচ্ছে। তাছাড়া এ বিভাগের অধীনে রয়েছে অত্যাধুনিক বৈজ্ঞানিক যন্ত্রপাতি সমৃদ্ধ পেস্টিসাইড রেসিডিউ এনালাইটিক্যাল ল্যাবরেটরী। তৈরি চায়ে কীটনাশকের রেসিডিউ বিশ্লেষনের মাধ্যমে নিরাপদ পাতা চয়নকাল নির্ধারন এর মাধ্যমে বিষমুক্ত চায়ের নিশ্চয়তা প্রদান করছে। তাই কীটতত্ত্ব বিভাগের গবেষণা কার্যক্রম মূলত উপযোগী কৌশল সম্পন্ন ও মাঠ পর্যায়ে সঙ্গতিপূর্ণ, যা চা শিল্পের দৈনন্দিন ও দীর্ঘমেয়াদী চাহিদা পূরণে সক্ষম। শুরু থেকেই বিভাগটিতে বৈজ্ঞানিক জনবলের প্রকট স্বল্পতা রয়েছে। তা সত্বেও বিভাগটি নিয়মিত গবেষণার পাশাপাশি বাগানের কৃমিপোকা বিশ্লেষণ, তৈরি চায়ের রেসিডিউ বিশ্লেষণ, বাণিজ্যিক কীটনাশকের ফরমুলেশন বিশ্লেষণ এবং উপদেশমূলক কার্যক্রম দক্ষতার সাথে চালিয়ে যাচ্ছে। তাছাড়া চা বাগান সমূহ তাৎক্ষণিকভাবে যেসব পেস্ট কমপ্লেক্স সমস্যার সম্মুখীন হয়ে থাকে তা সমাধানে কীটতত্ত্ব বিভাগ অগ্রণী ভূমিকা পালন করে আসছে।